Phân hữu cơ là loại phân có đầy đủ chất dinh dưỡng N,P,K và cả các nguyên tố trung và vi lượng. Phân hữu cơ bao gồm các loại như phân chuồng, phân xanh, than bùn, phân rác, phế phẩm nông nghiệp... Trong điều kiện canh tác như hiện nay thì phân hữu cơ rất cần cho cây trồng kể cả cây ăn trái và lúa. Tác dụng của phân hữu cơ là làm tăng năng suất cây trồng, giúp cây trồng hấp thu dinh dưỡng tốt hơn, tăng hiệu lực phân hóa học, cải tạo đất, giữ pH đất ở mức độ trung hòa hợp lý; tăng chất mùn cho đất, chứa các kích thích tố giúp cho rễ cây phát triển nhanh hơn; chứa các chất kháng sinh, các vi sinh vật đối kháng hay các vitamin để tăng khả năng chống chịu của cây trồng trong những điều kiện bất lợi. Tuy phân hữu cơ có chứa đầy đủ các dưỡng chất có thể thay thế phân hóa học nhưng phân hữu cơ là dạng cung cấp dưỡng chất lâu dài và ổn định, do đó tùy mức độ thâm canh và phát triển của cây trồng thì có thể cung cấp thêm phân hóa học để làm tăng tác dụng của phân hữu cơ khi cây trồng cần dưỡng chất ngay để đảm bảo năng suất.
* Hiện nay có 3 cách ủ phân xanh và phân chuồng: Ủ nóng, ủ nguội và ủ nửa nóng nửa nguội.
- Ủ nóng: Lấy phân chuồng xếp thành từng lớp xen kẽ rơm rạ hay cỏ khô trong hố, không nén chặt; nếu có điều kiện thì trộn thêm vôi bột hay phân lân. Giữa hố phân đặt một ống thông lên trên và khoét những lỗ nhỏ để tưới nước giữ ẩm độ cho hố ủ. Cần làm mái che bên trên và tưới nước định kỳ; nhiệt độ hố phân có thể cao từ 50o-60o  và thời gian ủ ngắn từ 30-40 ngày. Ủ nóng diệt được một số mầm bệnh, hạt cỏ dại nhưng dễ mất chất đạm.
- Ủ nguội: Phân chuồng cũng được lấy ra chất thành từng lớp xen kẽ với rơm hay lục bình và các phụ phẩm khác nhưng phải nén chặt kết hợp rắc thêm khoảng 2% vôi và trét bùn kín lại, bên trên có mái che nắng. Tưới ẩm giữ nhiệt độ cho đống phân khoảng 15 - 35 độ, thời gian ủ dài từ 5-6 tháng. Ủ nguội thì ít mất đạm hơn nhưng lại chậm phân hủy.
- Ủ nửa nóng nửa nguội: Giai đoạn 5-10 ngày đầu cũng tiến hành như ủ nóng để nhiệt độ tăng cao lên, sau đó trét bùn bình thường giống như ủ nguội, tưới nước và giữ ẩm. Cách ủ này sẽ khắc phục được hiện tượng mất đạm. Tùy vào điều kiện vật liệu, quy mô sản xuất cũng như thời gian cần bón phân mà chọn cách ủ cho phù hợp.
Giữa phân chuồng và phân xanh, theo một số nghiên cứu thì phân chuồng như phân gà, vịt có hàm lượng N,P,K và một số chất xơ khác cao hơn phân xanh. Trong tình hình dịch cúm gia cầm hiện nay thì không nên sử dụng phân gà, vịt mặc dù hàm lượng dinh dưỡng cao.